Установите SSL-сертификат программно с помощью Microsoft.Web.Administration.

Существует перегрузка метода для добавления привязок, которая правильно добавит сертификат в HTTP.sys, см.: https://msdn.microsoft.com/en-us/library/bb355650(v=VS.90).aspx

При желании вы можете установить параметры привязки:

binding.CertificateHash и binding.CertificateStoreName, и при фиксации он будет правильно регистрироваться в HTTP.sys: https://msdn.microsoft.com/en-us/library/microsoft.web.administration.binding_properties(v=VS.90).aspx

Метод Bindings.Add() имеет перегрузку для передачи SSL-сертификата. Если у вас уже есть сертификат SSL, вы можете выбрать его в хранилище сертификатов SSL следующим образом:

var store = new X509Store(StoreName.My, StoreLocation.LocalMachine);
store.Open(OpenFlags.OpenExistingOnly);
var certificate = store.Certificates.Find(X509FindType.FindByThumbprint, the thumbprint for the key", true);

var site = _mgr.Sites[name];
site.Bindings.Add("*:4043:", certificate[0].GetCertHash(), "MY");

После того, как вы запустите код, вы можете проверить, что он работает, запустив его из командной строки:

netsh http show sslcert

Поскольку ответ Helephant является лучшим, если вам нужны хэши сертификатов (т.е. несколько IP-адресов на одном компьютере с различными сертификатами SSL), вам нужно знать, как получить сертификаты/хэши. Несколько строк ниже демонстрируют, как найти информацию, поскольку документация MSDN очень скудна для этой темы.

Вы не можете удаленно обновить привязку SSL с помощью ServerManager.OpenRemote() — похоже, в этом есть ошибка. Appcmd вам тоже не поможет.

Если вы хотите преобразовать строку байтов обратно в массив байтов (если вы знаете хэш), вот как.

static void Main(string[] args)
{
    var store2 = new X509Store(StoreName.TrustedPublisher, StoreLocation.LocalMachine);
    Console.WriteLine("TrustedPublisher:");
    PrintCerts(store2);
    Console.WriteLine(); 

    Console.WriteLine("MY:");
    store2 = new X509Store(StoreName.My, StoreLocation.LocalMachine);
    PrintCerts(store2);
    Console.WriteLine();

    Console.WriteLine("CertificateAuthority:");
    store2 = new X509Store(StoreName.CertificateAuthority, StoreLocation.LocalMachine);
    PrintCerts(store2);
    Console.WriteLine();
}

static string PrintHash(byte[] cert)
{
    StringBuilder builder = new StringBuilder();

    foreach (byte b in cert)
    {
        builder.AppendFormat("{0:x2}", b);
    }

    return builder.ToString();
}

static void PrintCerts(X509Store store)
{
    store.Open(OpenFlags.OpenExistingOnly);
    foreach (var cert in store.Certificates)
    {
        Console.Write("{0} - {1}", cert.FriendlyName, PrintHash(cert.GetCertHash()));
        Console.WriteLine();
    }
}

Пример вывода:

МОЙ:
www.awesomesite.com - cc2b5fc8216a949b58aadc21089c12b2c090f6bd

Пространство имен не содержит API для этого, поэтому вы должны использовать его ConfigurationMethod для вызова расширения Win API, которое выполняет эту функцию. Что-то типа:

string certificateHash = <hash>
string certificateStore = <storename>  #my, localmachine, etc

ConfigurationMethod method = binding.Methods["AddSslCertificate"];
ConfigurationMethodInstance mi = method.CreateInstance();
mi.Input.SetAttributeValue("certificateHash", certificateHash);
mi.Input.SetAttributeValue("certificateStoreName", certificateStore);
mi.Execute();

Я считаю важным выделить комментарий Devator в этом ответе. Кажется, есть ошибка, которая препятствует изменению сертификата, и я бы никогда не решил ее, не увидев этот комментарий.

Если вы зададите информацию о привязке для самого себя, это приведет к тому, что IIS привяжет сертификат. Краткий пример показан ниже:

binding.BindingInformation = binding.BindingInformation;

Добавление к комментарию Тейлора Берда, но с использованием powershell:

    ...
Write-Verbose ("Remove old certificate [ {0} ]... " -f $SiteHttpsBinding.GetAttributeValue("certificateHash"))
$BindingMethod=$SiteHttpsBindings.Methods["RemoveSslCertificate"]
$BindingMethodInstance=$BindingMethod.CreateInstance()
$BindingMethodInstance.Execute()
Write-Verbose ("Add new certificate [ {0} ]..." -f $AfterThumbprint)
$BindingMethod=$SiteHttpsBindings.Methods["AddSslCertificate"]
$BindingMethodInstance=$BindingMethod.CreateInstance()
$BindingMethodInstance.Input.SetAttributeValue("certificateHash", $AfterThumbprint)
$BindingMethodInstance.Input.SetAttributeValue("certificateStoreName", "My")
$BindingMethodInstance.Execute()
...

Приведенный выше фрагмент кода полезен для обновления сертификатов без необходимости удаления всей привязки. Я использовал его для добавления и обновления привязок ssl на локальных и удаленных машинах.

Благодарим г-на Берда за предоставление ссылки на WinAPI.

Если вы попали сюда и хотите использовать PowerShell для достижения этой цели, я дал довольно полный ответ здесь. Самый простой ответ, если вы знаете хэш сертификата, который хотите использовать, это сделать так:

cd IIS:\SslBindings
get-item Cert:\LocalMachine\My\XFX2DX02779XFD1F6F4X8435A5X26ED2X8DEFX95 | New-Item 0.0.0.0!443