Преобразовать класс случая с опциями в класс случая без опций

Вы можете указать значения по умолчанию в apply в сопутствующем объекте для целевых классов дел. Например.:

case class UserPreferencesOpt(animals: Option[AnimalPreferencesOpt] = None)
case class AnimalPreferencesOpt(dogs: Option[String] = None, cats: Option[String] = None)

case class UserPreferences(animals: AnimalPreferences)
object UserPreferences {
  def apply(o: UserPreferencesOpt): UserPreferences = {
    UserPreferences(
      AnimalPreferences(
        o.animals.getOrElse(AnimalPreferencesOpt())
      ))
  }
}
case class AnimalPreferences(dogs: String, cats: String)

object AnimalPreferences {
  def apply(opt: AnimalPreferencesOpt): AnimalPreferences = {
    AnimalPreferences(
      opt.dogs.getOrElse("bark"),
      opt.cats.getOrElse("meow")
    )
  }
}

Но я согласен с @pedrorijo91, что модель выглядит странно..

Если значения по умолчанию являются статическими, то более простое решение — заполнить его при построении экземпляра, а не иметь класс с параметрами.

Для вашего примера это будет:

case class UserPreferences(animals: AnimalPreferences)
case class AnimalPreferences(dogs: String, cats: String)

object UserPreferences {
  def apply(dogOpt: Option[String], catOpt: Option[String]): UserPreferences = {
    val dog = dogOpt.getOrElse("bark")
    val cat = catOpt.getOrElse("meow")
    UserPreferences(AnimalPreferences(dog, cat))
  }
}

// then you can create, eg:
UserPreferences(None, None)
UserPreferences("Grrr", None)
UserPreferences("Dogs are cool!", "meow")

Другой масштабный способ решить эту проблему — использовать implicit conversions. Вы должны определить implicit methods, которые преобразуют класс toConvert в требуемый класс, например. от UserPreferenceOpt до UserPreference в соответствующих сопутствующих классах.

  case class UserPreferencesOpt(animals: Option[AnimalPreferencesOpt])
  case class AnimalPreferencesOpt(dogs: Option[String], cats: Option[String])

  case class UserPreferences(animals: AnimalPreferences)
  case class AnimalPreferences(dogs: String, cats: String)

  //Note that, I have used `null` value in case of `None` found in Opt class. Instead of `null`, you can provide default value with some logic here.
  object UserPreferencesOpt {
    implicit def optToUserPref(userPref: UserPreferencesOpt): UserPreferences = UserPreferences(userPref.animals.getOrElse(null))
  }
  object AnimalPreferencesOpt {
    implicit def optToAnimalPref(animalPref: AnimalPreferencesOpt): AnimalPreferences = AnimalPreferences(animalPref.dogs.getOrElse(null), animalPref.cats.getOrElse(null))
  }
  val userPrefOpt:UserPreferencesOpt = UserPreferencesOpt(Some(AnimalPreferencesOpt(Some("Dogs are cool!"), None)))
  val userPref: UserPreferences = userPrefOpt

Существует библиотека, поддерживающая эту функцию, например:

import cats.data.Validated
import cats.implicits._
import henkan.optional.all._

case class Message(a: Option[String], b: Option[Int])
case class Domain(a: String, b: Int)

validate(Message(Some("a"), Some(2))).to[Domain]
// res0: henkan.optional.ValidateFromOptional.Result[Domain] = Valid(Domain(a,2))

validate(Message(Some("a"), None)).to[Domain]
// res1: henkan.optional.ValidateFromOptional.Result[Domain] = Invalid(NonEmptyList(RequiredFieldMissing(b)))