Как прервать поток onBackPressed без сбоя?

Чтобы дать вам краткий ответ, а также объяснить, как это сделать в будущем, взгляните на Handler и Handler.postDelayed().

 private Handler homeIntenthandler;
    @Override
    protected void onCreate(){

    //other things
        skipscreen.setOnClickListener(new View.OnClickListener() {

            @Override
            public void onClick(View view) {
                SharedPreferences savestate = getSharedPreferences("skip", MODE_PRIVATE);
                savestate.edit().putBoolean("skip", true).apply();
                skip= true;
                homeintent();
            }
        });

//initialise handler and set timer;
        homeIntenthandler= new Handler();
        homeIntenthandler.postDelayed(new Runnable() {
            @Override
            public void run() {
               homeintent();
            }
        },3000);
    }
    }
    private void homeintent() {
        Intent i = new Intent(splash.this, home.class);
        startActivity(i);
        finish();
    }
    @Override
    public void onBackPressed() {
      if(homeIntenthandler!=null)
        homeIntenthandler.removeCallbacksAndMessages(null)
        finish();
      }
    }

Handler.removeCallbacksAndMessages(null) основан на документации, предоставленной для то же самое

Когда вы вызываете метод interrupt() в своем потоке, находясь в спящем режиме, будет выброшено InterruptedException.

Вы можете проверить погоду в своем потоке, она должна продолжаться:

 Thread splashthread = new Thread() {
    @Override
    public void run() {
           while (shouldContinue) {
                  doSomeWork();
           }
   }
};

Затем вы можете изменить shouldContinue на false в методе onBackPressed:

@Override
public void onBackPressed() {
       shouldContinue = false;
       finish();
}

Уди я ответил на ваш вопрос. Но я рекомендую вам использовать TimerTask и Таймер вместо Thread.

Timer timer;
TimerTask timertask;
timer = new Timer();
timertask = new TimerTask() {
    @Override
    public void run() {
        runOnUiThread(new Runnable() {
            @Override
            public void run() {
               homeintent();        
            }
        });
    }
};
timer.schedule(timertask, 3000);

@Override
public void onBackPressed() {
    if(timertask!=null){
        timertask.cancel();
    }
    if(timer!=null){
        timer.cancel();
    }
    finish();
}

Вы можете создать изменчивую проверку boolean, чтобы остановить выполнение потока, см. следующий код:

private volatile boolean cancelled = false;

Thread splashthread = new Thread() {
    @Override
    public void run() {
            if ( cancelled ) {
              return; // or handle this however you want
            }else{
              // do what ever you want to do here
            }
        }
};
splashthread.start();

И в onBackPressed сделайте что-то вроде этого:

@Override
public void onBackPressed() {
    cancelled = true;
    finish();
}

Рекомендуется использовать ключевое слово volatile, потому что, как правило, поток, выполняющий отмену, не обязательно будет тем же потоком, который отменяется. Пометка boolean check как volatile гарантирует, что поток, проверяющий флаг, увидит актуальное значение.