Добро пожаловать! К настоящему времени вы должны быть в состоянии настроить инструмент SRA и загрузить хотя бы один файл FASTA/FASTQ. Как вы заметили, если нет, то под одной статьей несколько файлов.

Итак, как я могу загрузить несколько файлов за один раз?

Вам повезло! В этой главе я расскажу о нескольких методах, которые вы можете использовать для загрузки нескольких файлов.

Вариант 1. Запуск нескольких экранов терминала

Это может быть немного трудоемко, так как вам нужно создать несколько терминалов для запуска итерации. Но я думаю, что для новичка этот метод может быть хорошей практикой, чтобы отточить навыки работы с командами Linux/Ubuntu и привыкнуть к рабочему процессу.

Шаг 1. Откройте новую вкладку или окно терминала. Для пользователей Mac в верхней левой части монитора компьютера нажмите «Shell» › «Новая вкладка» или нажмите клавиши Command + N. Для пользователей Windows просто щелкните правой кнопкой мыши значок запущенного терминала, чтобы создать новое окно.

Повторите этот шаг в зависимости от количества файлов, которые необходимо загрузить.

Шаг 2. Перейдите в каталог, в который вы будете загружать и хранить файлы FASTA/FASTQ, используя команду cd. В предыдущей главе наш первый загруженный файл находился по адресу sra_data.

Примечание. Если вы используете сервер ssh, убедитесь, что вы вошли во все новые окна терминала, которые вы создали.

Шаг 3. Выполните одну и ту же команду (ниже) в каждом новом окне терминала, чтобы загрузить файлы. Замените скобки идентификаторами SRR или инвентарными номерами для каждого файла.

fastq-dump -A [paste the SRR ID] --split-3 --gzip

Фу! Это было довольно громоздко, не так ли?
Если вам нравится вызов, то вам понравится следующий метод, который я собираюсь вам показать.

Вариант 2. Создание и запуск сценария Bash

Этот метод требует дополнительного кода. Мы будем создавать и запускать собственный скрипт, который как бы «автоматизирует» повторяющийся процесс.

Шаг 1. Введите vi <name your script>.sh в терминале. Команда vi открывает редактор, в котором вы будете писать коды. Я назову скрипт «тестирование», поэтому в терминале для меня он должен выглядеть так:
vi testing.sh

Шаг 2. При выполнении вышеуказанной команды экран перейдет в режим редактирования. Введите ниже, чтобы создать свой скрипт. Замените квадратную скобку соответствующим идентификатором SSR/номером доступа для каждого файла:

#!/bin/bash

fastq-dump -A [enter SRR ID/ Accession Number] --split-3 --gzip
fastq-dump -A [enter SRR ID/ Accession Number] --split-3 --gzip
fastq-dump -A [enter SRR ID/ Accession Number] --split-3 --gzip
fastq-dump -A [enter SRR ID/ Accession Number] --split-3 --gzip

Сохраните и выйдите из редактора, введя :wq

Чтобы проверить, правильно ли сохранен ваш сценарий, введите cat <name of your script>.sh или, в данном примере, cat testing.sh в терминале. Он должен показать вам точный сценарий, который вы закодировали.

Шаг 3. Чтобы запустить скрипт, введите sh <name of your script>.sh или, в данном примере, sh testing.sh.

Теперь все, что вам нужно сделать, это позволить ему творить свое волшебство, и все готово!